Op 25 juni 1578 werd aan François Vander Muelene het octrooi verleend om naast zijn molen een rosmolen op te richten,gelegen op "den Herentcautere" ,om ermee alle soorten graan te malen tot ieders gerief.
Aan de Watergravie moest jaarlijks een cijns van 16 stuivers betaald worden.
Maar inmiddels waren de "troebelen" volop bezig:ook Meulebeke bleef hiervan niet gespaard. Twee van de vier windmolens werden volledig vernield:de "hernemuelene" was één van de molens die rechtop bleef staan en nog hersteld kon worden. We zien hem aangeduid op de kaart van Sanderus (1641),onder de benaming"Heernemolen". De bijbehorende rosmolen was teloorgegaan. Het landboek van Meulebeke uit 1654 vermeldt dat aan de windmolen een stukje land paalt "up de westzijde daer de perdemuellen placht te staene" . Op dat ogenblik behoorde de molen toe aan Jooren De Bruyne. In 1736 was François D'Hondt fs Joannes de pachter-molenaar. Toen vroeg hij een octrooi aan om een windmolen te mogen oprichten te Zeveren bij Deinze,hetgeen hij op 4 juli 1737 bekwam.
De oude molen was een staakmolen en behoorde tot klasse 5. Bijna 200 jaar (van omstreeks 1746 tot 1923) was de familie Loncke molenaar of eigenaar van de Herentmolen. In 1834 was Leonard Loncke molenaar te Meulebeke. Hij was ook eigenaar van de Plaatsmolen in Meulebeke en van Ginste Stampkot,de oliewindmolen te Oostrozebeke.
In 1886 ontsnapte de molen ei zo na aan een blikseminslag. Die viel immers op de bijbehorende woning. Zeven jaar later verongelukte een molenmaker uit Wakken in de Herentmolen. In de eerste wereldoorlog werd de Herentmolen, toen nog steeds een staakmolen op teerlingen, totaal vernield. Ter vervanging ervan bouwde Jules Caene,in opdracht van Arthur Loncke,een weinig verder een staakmolen op torenkot met vliegende gaanderij. Het was evenwel geen volledige nieuwbouw, aangezien de molenkast afkomstig was van Tielt, waar hij in 1791 werd opgericht. In 1927 verkocht Arthur Loncke zijn molen aan de familie Allaert die hem kort daarna kwam bewonen. Tot 1941 diende het torenkot als woonhuis.Daarna werd het gebruikt als opslagplaats.
In 1956 werd de molen volledig afgebroken om de gebroken staak te vervangen. De molen uit Tielt was ook te flauw gebouwd. Alleen het torenkot bleef staan en werd nog eens extra versterkt. De molen werd terug opgetrokken, met zowel nieuwe als tweedehandse stukken door molenbouwer Robert Van de Kerckhove uit Ingelmunster. Bij deze heropbouw werden stukken gebruikt, afkomstig uit drie verschillende molens: één roede uit de stene Bearelle-molen van Aarsele, de tweede roede en een askop uit de stenen Termotes molen van Ruddervoorde en tenslotte kwamen de staak, steenbalk en gebinte uit de staakmolen van Vollezele(Brabant).
De nieuwe Herentmolen is een zware staakmolen op een torenkot. Op de vliegende gaanderij die vastgemaakt is aan het molenkot, staat de molenaar om de zeilen te spannen. Die gaanderij is te bereiken langs een laddertje vanuit de meelzolder.
De voet van het torenkot is 30 meter boven de zeespiegel gelegen. De molen heeft twee verdiepingen : de meelzolder en de steenzolder. Het torenkot heeft twee bouwlagen : gelijkvloers en verdieping. De hoogte van het torenkot is 5,7 meter. Het vloerpeil van de meelzolder ligt 9,15 meter boven de begane grond en is te bereiken langs een steile buitentrap. Het vloerpeil van de steenzolder ligt 3,35 meter hoger. De totale constructie vanaf de begane grond tot aan de nok van het dak van het molenkot is 18 meter.
De meelzolder dient als opslagplaats voor graan en meel. Op de steenzolder liggen drie steenkoppels : twee achtermolens met onderaandrijving en een voormolen met bovenaandrijving. Verder is er nog een haverpletter. De wieken hebben een vlucht van 24 meter.
In 1972 werd het torenkot omgebouwd tot ontvangstplaats voor bezoekers. Drie jaar later werden nogmaals belangrijke herstellingswerken uitgevoerd door de molenbouwers Peel uit Gistel. Het hekwerk, de vliegende gaanderij, alsook de staart en de kap werden volledig vernieuwd. De molen kreeg ook een grondige schilderbeurt. De Herentmolen is naast de thans gedemonteerde Geluveldmolen de enige nog bestaande torenkotmolen in Vlaanderen, die uitgerust is met een vliegende gaanderij.